Часто на новом месте работы приходится принимать автопилотные сервера с MySQL, где root пароли от системы еще известны, а вот у служб - уже нет. Рассмотрю смену пароля MySQL на платформе FreeBSD. Для других О решение в принципе аналогичное. Итак нам надо:

1. остановить сервер
/usr/local/etc/rc.d/mysql-server.sh stop
2. запустить в режиме игнорирования таблицы безопасности
mysqld_safe --skip-grant-tables &
3. законнектиться под рутом
mysql -u root
4. выбрать системную таблицу где хранятися пароли
use mysql
5. сменить пароль командой
UPDATE user SET Password=PASSWORD("Ваш новый пароль") WHERE User='root';
6. обновить привилегии
FLUSH PRIVILEGES;
7. выйти из mysql
exit
8. остановить mysq -демона в режиме игнора
/usr/local/etc/rc.d/mysql-server.sh stop
9. запустить в нормальном режиме
/usr/local/etc/rc.d/mysql-server.sh start

И все. Сервер работает, пароль root заменен.